MACROARRAYS   (En membranas de Nylon)Protocolos
 

1. Chip de levadura        Plantilla (vers. 5)                            Esquema chip

• Contiene el genoma completo de levadura en filtros de 7.5 x 11 cm: 6052 ORFs. Incluyendo nuevas ORFs pequeñas y otras identificadas "de novo" en el cromosoma III, no presentes en otros arrays similares.
• Para cada lote se realiza un control de calidad.
• Consultar la existencia de chips libres de cargo, con algún defecto de impresión que pueden ser útiles para practicar.

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   300 €
• Otros usuarios:   500 €

2. Macrochips "a la carta" - Servicio de Impresión personalizado

• Se realizan a partir de DNAs (sondas) suministrados por el usuario en placas de microtítulo , selladas con film de aluminio (no sirven las placas de PCR). Hasta 2304 muestras se recomienda utilizar el formato de 96 pocillos (marca NUNC, Ref: 163320); para cantidades superiores hay que utilizar el formato de 384 pocillos (marca NUNC Ref. 242757) .
• Se pueden hacer duplicados o triplicados de las sondas impresas. En ese caso el número de sondas total se considera el número de puntos que va a tener el chip.
• Los precios dependen del número de muestras a imprimir, de la cantidad de chips pedidos y de si incluye o no el control de calidad por lote de chips. Para el control de calidad, los usuarios deben proporcionar  ±1 mg de DNA genómico del organismo correspondiente o una mezcla de todas las sondas.
• Consultar precios para cantidades de chips diferentes a las que aparecen en las tablas. El número de chips siempre tiene que ser múltiplo de 6 .

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG.Precios en Euros, excluyendo el control de calidad.

    - Control de calidad por lote:  80 € para 1 chip (siguientes a 25 € c/u)
 
 
 

• Otros usuarios. Precios en Euros, excluyendo el control de calidad por lote .

    - Control de calidad por lote: 100 € para 1 chip (siguientes a 30 € c/u)
 
 
 

3. Procesamiento del Chip
 

• Marcaje de la muestra con ³³P e hibridación del filtro. Precios por chip para 1-5 macrochips en el caso de que se pueda acoplar el procesamiento a 5 chips. De lo contrario consultar el precio.

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   90 €
• Otros usuarios : 125 €

• Lectura ("scanning") del macrochip y obtención de datos (crudos).

• 1ª lectura en chips diferentes al de levadura:

 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   60 €
• Otros usuarios : 85 €

• 2ª lectura y posteriores en chips diferentes al de levadura o en cualquier chip de levadura:

 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   25 €
• Otros usuarios : 40 €

 4. Normalización y Análisis estadístico de los datos
 

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   50 €
• Otros usuarios : 80 €

 5. "Clustering": Análisis de agrupamiento de perfiles de expresión
 

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   50 €
• Otros usuarios : 80 €

MICROARRAYS  (en soportes de vidrio: portaobjetos)   Protocolos
 
 

1. Microchip "a la carta"- Servicio de impresión personalizado.

• A partir de DNAs (sondas)  suministrados por el usuario en placas de microtítulo de 384 pocillos ( marca NUNC Ref. 242757) selladas con film de aluminio (no sirven las placas de PCR). Posibilidad de imprimir hasta 9216 sondas (con réplicas) en cada microchip.
• El soporte es de vidrio recubierto de poli(L)lisina. Se pueden utilizar otros soportes comerciales. En este caso el precio del microchip se incrementará dependiendo del valor del soporte.
• Los precios (que dependen del número de muestras a imprimir y de la cantidad de chips pedidos) incluyen el diseño y el control de calidad por lote de chips. Para el control de calidad, los usuarios deben proporcionar ±1 µ g de DNA genómico del organismo correspondiente o una mezcla de todas las sondas.
• Consultar precios para cantidades de chips diferentes a las que aparecen en las tablas.

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG. Precios en Euros .

• Otros usuarios . Precios en Euros.

2. Procesamiento del Chip
 

• Marcaje de dos muestras con fluorescencia e hibridación del microchip.  El usuario deberá suministrar ±30 µg de RNA total de cada muestra o 3 µg de RNA poli(A). i se dispone de muestras en las que no se puede alcanzar esa cantidad de RNA.

 
• Procesado de 2 microchips:

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   450 €
• Otros usuarios : 760 €

 
• Procesado de 4 microchips:
 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   600 €
• Otros usuarios : 1020 €
 
• Procesado de 6 microchips:
 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   750 €
• Otros usuarios : 1275 €
 
• Para otras cantidades de microchips: Consultar

 
• Lectura ("scanning") del microchip

 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   25 €
• Otros usuarios : 40 €

 3. Normalización y Análisis estadístico de los datos (incluyen el "scannig")
 

• 1ª normalización:

 
• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   110 €
• Otros usuarios : 180 €

• 2ª lectura y posteriores:

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   75 €
• Otros usuarios : 125 €

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   50 €
• Otros usuarios : 80 €

  OTROS PRODUCTOS Y SERVICIOS
 
 

• Colección de 6080 cepas de levadura, cada una de las cuales contiene un plásmido de expresión con cada una de las ORFs con fusiones GST en N-terminal (Martzen et al., 1999. Science 286, 1153) .

Precio de la colección para usuarios internos o centros públicos:  960 €
 
 
• Reacciones de PCR en placas de 96 y 384 pocillos. Si son para la fabricación del Chip los usuarios deberán suministrar el DNA molde y los oligonucleótidos.

 

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Los precios por placa de 96 pocillos son los siguientes:

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:   200 €
• Otros usuarios : 325 €

• DNA amplificado de ORFs concretas de levadura contenidas en la colección.

• Usuarios internos de la UVEG y Organismos Públicos con convenio con la UVEG:    6 €
• Otros usuarios : 10 €

• Diseño masivo de oligonucleótidos  en secuencias de cromosomas o genomas completos.

    NOTAS:

• Los precios están sujetos a revisión y no incluyen gastos de envío ni el IVA (en el caso de usuarios externos).
• En el proceso de marcaje de las muestras de microchips se hacen los controles necesarios para saber que las reacciones deben funcionar. Si la calidad del chip comercial en concreto que se utilice no es buena y es la causa de que no se obtenga una buena señal, el usuario deberá correr con los gastos del servicio prestado.
• Cuando se publiquen resultados, para cuya obtención se haya utilizado la Sección de Chips de DNA, hay que mencionar a la Sección en agradecimientos y remitirnos una copia de la publicación.